Formado en la cantera che, Javi Navarro ya lleva numerosos años defendiendo la camiseta de su actual club, el Sevilla FC, del que es capitán, y con el que ha conseguido levantar la Copa de la UEFA y la Supercopa de Europa en el año 2006, y otra Copa de la UEFA en el 2007.

Entre sus recuerdos más amargos está el de 1997, cuando era jugador del Valencia CF y sufrió una grave lesión que casi lo aparta de la práctica del fútbol.

El 15 de noviembre de 2006 debutó como internacional absoluto con la selección española en un partido amistoso disputado en Cádiz, en el estadio Ramón de Carranza ante la selección de Rumanía, con resultado de 0-1 a favor de los rumanos gracias a un solitario gol de Ciprian Marica. Disputó los 90 minutos y llevó el dorsal número 2. Es el segundo jugador con más edad en debutar con la selección española, con 32 años, después de Ferenc Puskas.